エンディング分岐まとめ

BOSルート: インスティテュートとレイルロードが敵対
クエストのマスフュージョンでBOSに付くと派生

インスティテュートルート: BOSとレイルロードが敵対
同じくマスフュージョンでインスティテュート側に付くと派生

レイルロードルート: BOSとインスティテュートが敵対
インスティテュートへの潜入クエストを進めて反乱準備終わらせてかつマスフュージョンをインスティテュート側で進めると派生

ミニッツメンルート: インスティテュートのみが敵対(やり方によっては全て敵対)
ある程度拠点を手にいれてインスティテュートから追い出される(中で誰か攻撃すればいい)と派生
人造人間から城防衛クエストを終わらせると確定
レイルロードから協力要請をプレストンに伝えないとクリア後に敵対するので注意
BOSはマスフュージョンでインスティテュート側に付いて終わらせちゃうと敵対するので注意
その場合クリア前後にBOSが城に攻めてくるクエスト発生(ベルチバード20機くらいくる最大の防衛戦)

ちなみに他勢力と仲いいままミニッツで終わらせるとクリア後に他勢力から嫌味言われる(特にBOS)