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手順
1.ルーンをはめた装備を用意し、鍛冶屋へ。
2.アップグレード除去画面で対象の装備を選択
3.除去の確認画面で「○OK」を選択後、すぐにR1-L1-R1と押す
 (タイミング合わせればR1を1回でOKだが、このやり方が無難)
4.対象装備のルーンがそのままに、アイテムにルーンが追加される

現在のバージョン1.03で試してみたところ増殖できました。
ご利用は計画的に

ルーン増殖バグ